港鐵西鐵綫（現屯馬綫一部分）延伸段九龍南綫通車期間，港鐵曾作出了下文所述的各種新措施，以配合伴隨通車生效的新車務安排。同時，市民亦在通車前後舉行了不同形式與通車有關的活動，例如慶祝會、抗議示威等等。
通車前[]
車務及指示[]
早於2008年，港鐵已於紅磡站四個月台開始安裝吊板，以方便乘客留意列車方向。
其後於九龍南綫通車前約一至兩個星期，港鐵更換東鐵綫及西鐵綫全段報站聲帶（即港鐵化），其發出的聲音與港鐵前地鐵路綫所發出的聲音接近一致，都城嘉慕列車不再發出「阿婆聲」，千九列車不再發出「少女聲」。有人為此在Yahoo!知識+發問了問題[1]，不過他得不到正確的回答。
通車前夕，港鐵已將部分路綫圖及指示換上含有九龍南綫通車後資訊的內容，再以舊版本內容的貼紙蓋上。以「往尖東」為例，就是先將「往尖東」貼紙蓋在「往紅磡」上，方便通車當日立即除下舊有指示。港鐵系統路綫圖方面，由於康城站與九龍南綫通車的日期相差不遠，車站及列車曾經同時掛上/貼上三個版本的路綫圖。
紅磡站則開始在吊板上貼上東鐵綫「往羅湖/落馬洲」及西鐵綫「往屯門」指示，同時開始掛起較大型的LCD顯示屏作顯示班次之用。在大堂，則設有綜合班次顯示，讓乘客選擇登車月台。該顯示屏在前九鐵時期已經存在，並曾一度貼上「東鐵終點站」及「西鐵終點站」的字眼。後來港鐵將之翻新，並貼上「東鐵綫」及「西鐵綫」字樣取代原有字句。
尖東站方面，由於西鐵綫比東鐵綫列車短，港鐵在2009年中期開始在月台頭末設置封閉門，待新綫通車後禁止乘客進入該處。
宣傳[]
港鐵在通車前，已經在東鐵綫及西鐵綫車站貼上不同宣傳，提示乘客路綫新安排。而港鐵更展開宣傳攻勢，在免費報章am730及都市日報的頭條報道下方刊登漫畫廣告帶出東鐵綫及西鐵綫連接的好處；在無綫電視播放特輯《港鐵拉近東西貫全城》；更開設了專屬網頁「ho5ar.com.hk」（當中「ho5ar」用英文讀出，與廣東話「好快呀」音近），不斷向乘客灌輸西鐵綫延伸的好處及新安排。但提示乘客東鐵綫往尖東須轉車的海報標貼曾將旺角東站的英文名稱拼為「East Mongkok」，及後部分已被寫上正確拼法的貼紙覆蓋，部分則繼續存留。
通車前的最後階段[]
任何路綫改建通車日的那個凌晨，對於鐵路公司來說必定是最關鍵的一段時間，因為所有硬件上或軟件上無法預先進行的改變一定要在這段時間內改裝完成，而且絕對不得延誤，否則絕對會影響當天列車的服務。
對於今次九龍南綫通車來說，由於尖東站至紅磡站2號月台及3號月台內的路軌會由東鐵綫列車行駛變成由西鐵綫列車行駛，而且港鐵公司事前沒有封閉這段路軌進行改裝，因此2009年8月16日的凌晨對於港鐵公司來說非常重要的，因為港鐵公司必需在這段時間內完成以下所有所需的改裝：
- 由於東鐵綫列車和西鐵綫列車所使用的軌距和供電系統都相同，所以尖東站至紅磡站2號月台及3號月台內的路軌不需要更換路軌和供電系統，但由於東鐵綫列車和西鐵綫列車所使用的訊號系統不相同，因此尖東站至紅磡站2號月台及3號月台內的路軌需要更換訊號系統（包括訊號燈）。
- 亦由於西鐵綫路軌的中間位置需要有感應線圈來偵測列車的所在位置（詳見SelTrac條目），所以尖東站至紅磡站2號月台及3號月台內的路軌的中間位置需要加上感應線圈。
- 東鐵綫列車有12卡但西鐵綫列車只有7卡，因此尖東站的月台幕門需要重新調校至只有適當位置的7卡月台幕門可以開關，港鐵公司亦特意在紅磡站的2號月台及3號月台東北面取其3卡位置和西南面取其兩卡位置裝上圍欄（其中後者因配合屯馬綫改以8卡車行走，而再將一卡圍欄拆走），以防止乘客在2號月台及3號月台西南面那兩卡不使用的月台位置被行駛中的西鐵綫列車吸往車身及杜絕乘客乘機在2號月台及3號月台東北面那3卡不使用的月台位置橫過路軌進入對面月台（紅磡站被改成這個民怨沸騰的月台設計，個別乘客有這個野蠻的行為乃是預料中事。）。
- 紅磡站2號月台及3號月台的路軌之後東北面的那兩段路軌是連接著東鐵綫的路軌，而這兩段路軌將暫不會再使用。但港鐵公司不會打算拆除這兩段路軌[2]，所以這兩段路軌需要裝上止衝擋以加強西鐵綫列車失控時衝往東鐵綫路軌的防護能力。
- 東鐵綫列車和西鐵綫列車可算是「半自動行駛」（車長只是控制車門和月台幕門（如有）開關，不需要駕駛列車，只是按掣令列車自動行駛。），而東鐵綫列車和西鐵綫列車的行駛只是靠各東鐵綫和西鐵綫車站的控制室及東鐵綫和西鐵綫的控制中心（東鐵綫的控制中心在港鐵火炭大樓而西鐵綫的控制中心在港鐵錦田大樓）所設定的程式來操作，因此各東鐵綫和西鐵綫車站的控制室及東鐵綫和西鐵綫的控制中心需要更改東鐵綫列車和西鐵綫列車的行駛程式，否則西鐵綫列車無法前往柯士甸站、尖東站和紅磡站及東鐵綫列車的正常班次無法進入紅磡站1號月台和4號月台。
- 各東鐵綫和西鐵綫車站（柯士甸站除外）需要除下舊有指示及其月台的班次顯示屏和廣播系統需要更正至正確的內容。
港鐵公司計算後發現，如果紅磡站和尖東站照原有的車站服務時間關閉（紅磡站是凌晨1時21分而尖東站是凌晨1時22分），是不夠時間完成上述所有的改裝，但如果紅磡站和尖東站提早在凌晨0時30分關閉就足夠時間。因此港鐵公司決定把紅磡站和尖東站提早在2009年8月15日晚上12時30分關閉，東鐵綫南行列車最後的若干班次則改以旺角東站為總站，並提供免費接駁巴士由旺角東站前往紅磡站和尖東站，並在九龍南綫通車前夕在東鐵綫各車站（紅磡站和尖東站除外）擺放以下的通告提醒乘客：
換言之，東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車不是平常東鐵綫前往尖東站的尾班車，而是平常東鐵綫前往尖東站的若干班次，而這班班次的詳細資料港鐵公司完全沒有提及。
有網民在Yahoo!知識+玩「競猜遊戲」，競猜東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車在上水站的開出時間[3]。
有鐵路迷於2009年8月15日晚上在上水站2號月台守候著東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車，待這班列車到達後乘搭到尖東站，並拍攝影片。結果東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車是千九列車（D205/D207，車序：015），大約於晚上11時39分到達上水站，並大約於晚上11時40分由上水站開出。這班列車大約於晚上12時16分到達紅磡站3號月台，並大約於晚上12時17分離開紅磡站3號月台，最後大約於晚上12時19分到達尖東站前1號月台。
其後這班列車隨即轉為東鐵綫歷史上由尖東站開出的真正尾班車，並大約於晚上12時23分由尖東站前1號月台開出。按推理，這班列車大約於晚上12時25分到達紅磡站2號月台，並大約於晚上12時26分離開紅磡站2號月台，完成歷史任務。
事實上，「東鐵綫歷史上由尖東站開出的真正尾班車」比「東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車」沒有這麼吸引，因為東鐵綫從此以後不能再前往尖東站，而不是從此以後再沒有東鐵綫。
「東鐵綫歷史上前往尖東站的真正尾班車」和「東鐵綫歷史上由尖東站開出的真正尾班車」都沒有任何傳媒報導。
九龍南綫通車初期（港鐵）[]
通車當日，港鐵開始使用新路綫圖、指示牌及月台吊板。同時，紅磡站的新班次顯示屏啟用。
在西鐵綫尖東站、元朗站、天水圍站、屯門站大堂及各輕鐵車站，掛上了乘客西鐵綫往各地省時的廣告。
XX分鐘西鐵綫直達XX：
通車初期，港鐵派出「XX綫大使」舉指示牌及協助乘客乘車。與康城站通車不同，該指示牌只有一面。
九龍南綫通車日（市民）[]
元朗區議員在柯士甸站抗議
通車當日，有大量鐵路迷乘搭西鐵綫由屯門及紅磡開出的頭班車，更有鐵路迷穿著全套前九鐵的制服乘坐屯門開出的頭班車，成為傳媒採訪焦點；但因港鐵於兩鐵合併後嚴禁員工管有九鐵制服，因此該套制服及後遭港鐵沒收，而該鐵路迷因沒有帶備其他衣服而只能穿著背心離開柯士甸站；而在少於一個月前在往康城站的頭班車上開香檳慶祝的著名交通迷香檳男在紅磡開出的頭班車接受傳媒訪問時語無倫次，惹來網民討論。
同日，有一批元朗區議員，在柯士甸站月台據地進行抗議，反對取消港鐵接駁巴士K16綫、港鐵巴士A73及K73P綫，要求降低西鐵綫票價及全月通費用，並乘此要求恢復輕鐵761綫。
民建聯亦由元朗及天水圍乘搭西鐵綫頭班車到柯士甸站靜坐抗議達8小時，抗議取消港鐵接駁巴士K16綫、港鐵巴士A73及輕鐵761P綫（特別班次）[4]。
集體回憶[]
這裡展出了一些九龍南綫通車前適用的指示及路綫圖，供鐵路迷及大眾作集體回憶之用。
東鐵綫[]
西鐵綫[]
